Resulto que el ejecutar las reglas de validacion de la instalacion saltaron dos problemas de esos en los que M$ es especialista.
1) Falla en la regla Sql2005SsmsExpressFacet, incluso despues de haber desinstalado el SQL Server 2005 Managment Studio Express. La solucion a esto fue modificar en el register la clave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsfoft\Microsoft SQL Server y renombrar la clave "90" temporalmente durante la instalacion.
2) Falla en la regla VSShellInstalledRule, relacionado con no tener instalado el SP1 de Visual Studio 2008. Con lo delicado que es el VS2008 la verdad no tenia mucho interes en instalar el fulano SP1, asi que la solucion paso por dos pasos:
a) Ejecutar el instalador del Managment Express manualmente e indicarle que ignorara esa regla:
SETUP /ACTION=install /SkipRules=VSShellInstaled RebootRequiredCheck
b) Cambiar en el register el valor de la clave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\DevVis\VS\Servicing\9.0\SP segun como se indica aqui
Una vez finalizada la instalacion, se reversan los cambios hechos en el register y listo.